از بزرگترین مشکلات پزشکی مدرن عدم دسترسی به آن در مناطق محروم واقشار کم درآمد است. میان فقرا و ثروتمندان یک فاصله درآمدی وجود دارد که به ویژه در درمانهای پرهزینهای چون درمان ایدز و سل آشکار میشود. اکثریت منابع پزشکی و درمانها در کشورهای ثروتمند و با شیوع پایین بیماریها به خصوص نیمکره غربی متمرکز شدهاند. از سوی دیگر کشورهای در حال توسعه و عقبافتاده دنیا شیوع بالایی از ایدز دارند ولی فاقد منابع کافی برای درمان آن هستند.
خطاهای پزشکی و تجویز زیاد از حد دارو و سایر بیماریهای ناشی از درمان هم از مشکلات دیگر مورد توجه هستند. متخصصین مهندسی فاکتور انسانی عقیده دارند که پزشکی میتواند با اتخاذ ایدههای مورد استفاده در ایمنی هوانوردی که از خطرات قرار دادن مسوولیت زیاد روی دوش یک ابرانسان و انتظار از او برای خطا نکردن فایده ببرد. سیستمهای گزارش دهی و سازوکارهای وارسی هر روزه بیشتر در تشخیص منبع خطاها و بهبود عملکرد به کار میروند. روشهای تشخیصی بالینی در برابر روشهای آماری و الگوریتمی قبلا در تشخیص روانپزشکی به کار برده شدهاند و برتری روشهای آماری مشخص شده است.در یک متاآنالیز در سال ۲۰۰۰ که این روشها در پزشکی و روانشناسی مورد مقایسه قرار گرفتند به طور کلی روشهای مکانیکی و آماری در بیشتر موارد و نه همه موارد برتری داشتند.
نابرابری در کیفیت خدمات در جمعیتها نیز یکی دیگر از موضوعات مورد مناقشه است.به عنوان مثال در مطالعهای مشخص شد که افراد پیر دچار مشکلات روانی از مراقبتهای ضعیفتری در طی بستری برخوردار بودند.